专利申请人只能通过PCT申请专利，不能直接通过PCT得到专利。要想获得某个国家的专利，专利申请人还必须履行进入该国家的手续，由该国的专利局对该专利申请进行审查，符合该国专利法规定的，授予专利权。PCT的申请程序可以简单概括如下：
第一，提出国际申请。我国专利局依照《关于中国实施专利合作条约的规定》受理以下三种人提出的国际申请：
（1）中国国民，包括具有中国国籍的个人和依照中国法律成立的法人。中国个人，不论其居住地是否在中国境内；
（2）中国居民，虽不是中国国民，但在中国有经常居所或者实际有效的工商营业所的外国人、外国企业或外国其他组织；
（3）与中国签订有双边协议的条约其他缔约国的国民和居民。专利局收到国际申请后，认为符合规定条件的将授予国际申请日（以收到之日为国际申请日），并给予国际申请号。被授予国际申请日的国际申请在每个指定国具有正规的国家申请效力，被认为是在每一个指定国的实际申请日。
第二，国际检索。每一份国际申请都应经过国际检索。检索的目的在于检验申请主题的新颖性、创造性和工业实用性。检索工作由具备国际检索资格的单位进行，中国专利局就是其中之一。因此，经我国专利局提出国际申请的，可直接由其完成国际检索工作。申请人收到检索报告，可选择是撤回或继续申请。
第三，国际公布。国际申请自优先权日起满18个月，由国际局立即公布。申请人也可以要求国际局提前公布国际申请。
PCT的这一程序具有以下优点：
首先，申请程序简便。PCT对专利申请的受理和审查标准作了国际性统一规定，在成员国的范围内，申请人只要使用一种规定的语言在一个国家提交一件国际申请，在申请中指定要取得专利保护的国家，就产生了分别向各国提交了国家专利申请的效力，条约规定的申请程序简化了申请人就同样内容的发明向多国申请专利的手续，也减少了各国专利局的重复劳动。
其次，申请人具有充分的时间设计其专利国际申请的策略。在巴黎公约下，一项发明专利在本国提交申请的之后，必须在12个月内向其他国家申请专利，而在PCT下，申请人取得优先权之日起满20个月后，各指定国的专利审批程序才开始；如果申请人要求“国际初步审查”，进入选定国的专利审查程序是自优先权日起满30个月后才开始。因此，申请人有20个月或30个月的考虑时间。这样对于申请人来讲，就有更多的时间去考虑其专利到底在哪些国家是具有市场前景的。同时，在提出PCT申请后，会得到一份比较权威的检索报告，对该专利做一个初步的判断和评价，这是专利申请人作出最后选择的重要参考依据。
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