按最高法院解释，有两大类的专利纠纷案件可以向人民法院起诉，一类为专利民事纠纷案件，另一类为专利行政案件。具体包括16种：
1、专利申请权纠纷案件；
2、专利权权属纠纷案件；
3、专利权、专利申请权转让合同纠纷案件；
4、侵犯专利权纠纷案件；
5、假冒他人专利纠纷案件；
6、发明专利申请公布后、专利权授予前使用费纠纷案件；
7、职务发明创造发明人、设计人奖励、报酬纠纷案件；
8、诉前申请停止侵权、财产保全案件；
9、发明人、设计人资格纠纷案件；
10、不服专利复审委员会维持驳回申请复审决定案件；
11、不服专利复审委员会专利权无效宣告请求决定案件；
12、不服国务院专利行政部门实施强制许可决定案件；
13、不服国务院专利行政部门实施强制许可使用费裁决案件；
14、不服国务院专利行政部门行政复议决定案件；
15、不服管理专利工作的部门行政决定案件;16.其他专利纠纷案件。
应向哪级法院起诉
专利纠纷不同于一般的民事纠纷，其专业性较强。按最高法院解释，第一审的专利案件，由各省、自治区、直辖市人民政府所在地的中级人民法院和最高人民法院指定的中级人民法院管辖。
应向哪里法院起诉
最高法院解释规定，侵犯专利权案件的地域管辖适用民事诉讼法的一般规定，即由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。这就是说，专利纠纷案件的当事人提起诉讼，要向侵权行为地或者被告住所地的享有专利纠纷案件管辖权的中级人民法院提起。
为便于当事人掌握人民法院适用管辖的规定，该司法解释对各类侵犯专利权行为的侵权行为地作出了解释。其第5条规定：“侵权行为地包括：被控侵犯发明、实用新型专利权的产品的制造、使用、许诺销售、销售、进口等行为的实施地;专利方法使用行为的实施地;依照该专利方法直接获得的产品的使用、许诺销售、销售、进口等行为实施地;外观设计专利产品的制造、销售、进口等行为的实施地;假冒他人专利的行为实施地。上述侵权行为的侵权结果发生地。
怎样计算赔偿数额
按最高法院解释，赔偿数额可按以下办法计算。
第一，按权利人因被侵权所受到的损失计算。权利人因被侵权所受到的损失可以根据专利权人的专利产品因侵权所造成销售量减少的总数乘以每件专利产品的合理利润所得之积计算。权利人销售量减少的总数难以确定的，侵权产品在市场上销售的总数乘以每件专利产品的合理利润所得之积可以视为权利人因被侵权所受到的损失。
第二，按侵权人因侵权所获得的利益确定赔偿数额。侵权人因侵权所获得的利益可以根据该侵权产品在市场上销售的总数乘以每件侵权产品的合理利润所得之积计算。侵权人因侵权所获得的利益一般按照侵权人的营业利润计算，对于完全以侵权为业的侵权人，可以按照销售利润计算。
第三，被侵权人的损失或者侵权人获得的利益难以确定，有专利许可使用费可以参照的，人民法院可以根据专利权的类别、侵权人侵权的性质和情节、专利许可使用费的数额、该专利许可的性质、范围、时间等因素，参照该专利许可使用费的1至3倍合理确定赔偿数额;没有专利许可使用费可以参照或者专利许可使用费明显不合理的，人民法院可以根据专利权的类别、侵权人侵权的性质和情节等因素，一般在人民币5000元以上30万元以下确定赔偿数额，最多不得超过人民币50万元。
此外，权利人还可将因调查、制止侵权所支付的合理费用计算在赔偿数额范围之内。
其它应注意的问题
第一，已经过管理专利工作的部门作出侵权或者不侵权认定的，当事人仍可向法院起诉。
第二，当事人提起侵犯实用新型专利权诉讼时，应当在起诉时出具由国务院专利行政部门作出的检索报告。
第三，侵犯实用新型、外观设计专利权纠纷案件的被告有权请求中止诉讼，但应当在答辩期内对原告的专利权提出宣告无效的请求。
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